Nero Encoderを使用する場合、下図のように設定。

「プロファイル」はLC-AAC。「レートモード」はCBR以外のもの。「ビットレート/品質」は適宜調整。最高品質でもwavの1/4程度のサイズになります。
cueシートをDrug & Dropすれば読み込みます。エンコード中に警告メッセージが出ます。これは無視してかまいません。
ZENは基本的にiTuneで作成されたAACファイルしか認識しないのでタグの編集に注意しなければいけません。Zen_Compatibilityなどのソフトを使用すると簡単にメタデータを編集できます(タグの内容を変更するソフトではありません)。